معرفی و دانلود کتاب پویش ژنومی صفت مقاومت به تنش حرارتی در طیور

معرفی کتاب پویش ژنومی صفت مقاومت به تنش حرارتی در طیور

کتاب پویش ژنومی صفت مقاومت به تنش حرارتی در طیور نوشته‌ی حامد اسدالهی تاثیر دما را بر پرورش صنعتی مرغ، مورد بحث و بررسی قرار می‌دهد.

تنش حرارتی یک معضل جدی در پرورش صنعتی طیور محسوب می‌شود. یکی از اصلی‌ترین تکنیک‌های مقابله با تنش حرارتی، بهره‌گیری درست از فاکتورهای ژنتیکی و به‌نژادی است.

در این کتاب با بهره‌گیری از مطالعه پویش ژنوم، صفت مقاومت به تنش حرارتی در 202 قطعه پرنده نسل F2 هیبرید لاین آرین و بومی ارومیه‌ی ایران که بر اثر یک حادثه دچار تنش حرارتی حاد شدند، جهت شناسایی نواحی ژنومی کنترل‌ کننده‌ی این صفت بررسی شده‌اند. در سن 70 روزگی، نمونه خون کلیه پرندگان برای استخراج DNA آن‌ها با بهره‌گیری از روش Salting out گرد‌آوری می‌شود.

در مرحله بعد، نمونه‌ها به وسیله‌ی تراشه 60 هزارتایی SNP با کمک دانشگاه آرهوس دانمارک تعیین ژنوتیپ خواهند شد. جوجه‌ها به مدت 84 روز در محل مورد نظر نگهداری می‌شوند؛ اما به خاطر بالا رفتن دما در روز 84 دوره پرورش، 182 عدد پرنده می‌میرند و 20 پرنده زنده می‌مانند.

پویش ژنوم با بهره‌گیری از تازه‌ترین متدهای روز جهان برای شناسایی ژن‌ها و مناطق ژنومی مرتبط با تحمل تنش حرارتی در این جمعیت صورت می‌گیرد. تاثیرات خطاهای سیستماتیک به وسیله‌ی مدل خطی ثابت (FLM) تصحیح شده و بعد نتایج نشان داده می‌شود. مقاومت جوجه‌ها (20 قطعه) در مقابل بالا رفتن دما، با عملکرد ژن‌های CEP78 ،MEF2C ،VPS13A ،ARRDC3 و مسیرهای بیولوژیکی این ژن‌ها رابطه دارد. این نتایج با کمک به درک مکانیسم‌های مولکولی مارکرهای SNP و ژن‌های کاندید در ایجاد تحمل تنش حرارتی در جوجه‌ها، عرصه را برای افزایش مقاومت ژنتیکی در برنامه‌های اصلاح نژادی آینده مهیا خواهد کرد.

در بخشی از کتاب پویش ژنومی صفت مقاومت به تنش حرارتی در طیور می‌خوانیم:

جوجه‌های گوشتی امروزی با هدف افزایش بازده گوشت و کاهش چربی، انتخاب و مدیریت می‌شوند. مطالعات متعدد نشان داده‌ است که دمای محیط بر ترکیب لاشه و تولید گوشت مؤثر است. در دمای بالا، تولید گوشت، به‌ خصوص تولید گوشت سینه، کاهش می‌یابد (Yalcin et al. ,1997). در مطالعه Akşit و همکاران (2006)، اثر درجه حرارت بر روی کیفیت گوشت مورد بررسی قرار گرفت و نشان داده شد که درجه حرارت بالا بر کیفیت گوشت اثر نامطلوبی دارد.

در مطالعه دیگری، (Cahaner and Leenstra (1992 نشان دادند که در درجه حرارت بالا، جوجه‌های گوشتی نر بیش از ماده‌ها تحت تأثیر قرار می‌گیرند. همچنین Lu و همکاران (2007) در یک آزمایش همزمان بر روی دو سویه تجاری جوجه گوشتی مشاهده کردند که در یکی از سویه‌های جوجه گوشتی متداول در چین (BYJ) ذخیره چربی شکمی با قرار گرفتن در معرض حرارت افزایش یافت، در حالی ‌که ذخیره چربی شکمی در جوجه‌های گوشتی سویه آربور ایکرز در معرض حرارت کاهش یافت. این محققین به این نتیجه رسیدند که تأثیر استرس گرمایی به نژاد بستگی دارد و جوجه‌های گوشتی BYJ مقاومت بیش‌تری به دمای بالا دارد که این می‌تواند به دلیل ژنتیک و فعالیت‌ ژن‌های مرتبط با مقاومت در برابر حرارت در این نژاد باشد.

فهرست مطالب کتاب

فصل اول: مقدمه
1-1- اهمیت گوشت طیور در تغذیه انسان
2-1- نقش اصلاح نژاد در صنعت طیور
3-1- مشکل جدی در پرورش صنعتی طیور
فصل دوم: مطالعات انجام شده
1-2- مرغان اهلی
1-1-2- مرغ به عنوان یک منبع غذایی مهم
2-1-2- مرغ به‌عنوان یک حیوان مدل
3-1-2- مناطق گرم دنیا و صنعت پرورش طیور در این مناطق
2-2- تنش حرارتی در جوجه‌های گوشتی و تخم‌گذار
1-2-2- اثرات عمومی دما
2-2-2- راه‌کارهای تغذیه‌ای جوجه‌های گوشتی در آب‌وهوای گرم
3-2-2- دما و ترکیب بدن جوجه‌های گوشتی
4-2-2- اثرات دما بر روی عملکرد سویه‌های مرغ تخم‌گذار
5-2-2- اثرات تنش حرارتی بر کیفیت پوسته تخم‌مرغ
6-2-2- راه‌کارهای تغذیه‌ای کاهش تنش حرارتی در مرغ‌های تخم‌گذار
3-2- اساس مولکولی مقاومت در برابر تنش حرارتی و برخی ژن‌های تأثیرگذار بر روی این صفت
4-2- جمعیت‌های مرغ مورد استفاده در آنالیز جایگاه‌های صفات کمی
1-4-2- منابع داده‌های ژنومیک مرغ
2-4-2- صفات کمی و جایگاه این صفات در ژنوم
3-4-2- لاین‌های هم‌خون
4-4-2- لاین‌های منتخب واگرا
5-2- تاریخچه شناسایی جایگاه‌های صفات کمی
1-5-2- مارکرهای ژنتیکی
2-5-2- عدم تعادل لینکاژ
3-5-2- نقشه‌یابی مبتنی بر لینکاژ
4-5-2- نقشه‌یابی مبتنی بر لینکاژ نامتعادل
5-5-2- مطالعه وابستگی ژنتیکی بین مارکر و صفت بر اساس لینکاژ نامتعادل در سطح ژنوم
6-2- انتخاب در جمعیت
7-2- روش‌های آنالیز
فصل سوم: مواد و روش‌ها
1-3- جمعیت مورد مطالعه
2-3- داده‌های ژنوتیپی
3-3- داده‌های فنوتیپی
4-3- طبقه‌بندی داده‌های case/control
5-3- نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی و سیستم‌عامل
6-3- کنترل کیفیت داده‌ها
7-3- آنالیز آماری
1-7-3- آنالیز آماری توسط مدل مبتنی بر اثرات ثابت (FLM)
2-7-3- آنالیز آماری با استفاده از مدل مختلط (MLM)
3-7-3- تصحیح چند آزمونی
8-3- آنالیز نتایج اولیه
9-3- آنالیز بیوانفورماتیک
فصل چهارم: نتایج و بحث
1-4- بررسی ساختار جمعیتی
2-4- مقایسه نتایج مدل مختلط و ثابت
3-4- توزیع نرمال SNP ها
4-4- نتایج تجزیه و تحلیل برای صفت مقاومت در برابر حرارت
5-4- پویش یک سانتی‌مورگان اطراف هر SNP
6-4- بحث
1-6-4- ژن‌های CEP78 و MEF2C و ارتباط آن‌ها با تنش حرارتی
2-6-4- بررسی ژن‌های VPS13A و ARRDC3 و نقش این ژن‌ها در مقاومت به تنش حرارتی
فصل پنجم: نتیجه‌گیری کلی و پیشنهادها
1-5- نتیجه‌گیری
2-5- پیشنهادها
فهرست منابع